清理是面粉加工過程中的關鍵環節，決定著面粉的質量以及安全性。在使用石磨面粉機械生產面粉時，企業對麥毛和腹溝清的很干凈，瘦秕粒、蟲蝕粒和霉變粒及碎麥幾乎沒有，但唯一不足的就是麥粒中燕麥或麥桔桿的清除可能不到位。

入磨之前對小麥的處理并不是盲目的，而是具有一定要求的。待處理之后，入磨凈麥需要滿足：①雜質含量明顯降低，其中塵芥雜質不能超過0.3%，砂石含量不能超過0.015%，糧谷雜質不能超過0.5%，以保證石磨面粉設備的制粉質量。②入磨小麥還要具有最佳的水分含量，且水分分布均勻，以保證研磨效果、提高出粉率創造條件。③灰分降低明顯，減低其對面粉質量的影響。

石磨磨齒寬大有序，轉速每分鐘20-25圈，溫度低。避免機械生產中的高溫、高壓對原料有效營養和品質的破壞，最大程度地保留了小麥中的纖維素、胚芽、蛋白質、面筋質、胡蘿卜素、碳水化合物、鈣、磷、鐵、維生素B1、B2等各種營養物質，特別是石磨面粉中的胡蘿卜素和維生素E是其它面粉的18倍。